Polyesterpolyolen zijn niet geclassificeerd als gevaarlijke stoffen voor transport; geschikte materialen voor opslag- en transportcontainers zijn onder meer koolstofstaal, aluminium, roestvrij staal, polyethyleen en polypropyleen. Vloeibaar polyester kan af en toe troebel worden tijdens langdurige opslag bij lage temperaturen; dit fenomeen kan worden omgekeerd door kortstondig verwarmen tot ongeveer 80 graden zonder de productkwaliteit aan te tasten.
Polyesterpolyolen zijn hygroscopisch; opslag en transport moeten het binnendringen van luchtvochtigheid voorkomen. Om omgekeerde reacties te minimaliseren, mogen de temperaturen niet hoger zijn dan 120 graden. Het product moet bij kamertemperatuur worden bewaard in luchtdichte containers, beschermd tegen lucht, of in verwarmde vaten met stikstof-deken die op een temperatuur van 70-110 graden worden gehouden.
